海域生態有繽紛的珊瑚群聚，富藏珊瑚礁魚類、軟體動物、甲殼動物，還有不時造訪的檸檬鯊，汙水處理設施營建署及市府水利局人員前進東沙島勘查島上建築物及汙水處理設施，僅管理站採高級處理汙水回收再利用，汙水處理設施決定著手改善，以確保東沙島海域免於因為生活廢水受到汙染。
經水利局評估將打造一處生物薄膜處理設施，汙水處理量每日約50到70噸，將爭取前瞻基礎建設經費，明年啟動興建工程，汙水處理設施既可解決汙染海域的問題，汙水處理廠但只有海洋國家公園管理站有汙水高級處理再回收設施，其他建築都是簡易處理後就排放滲入土壤中，或直接流入大海。
